Мигран Абрамович Шахзадеян преподавал философию в Армянском педагогическом университете и политологию в Ереванском государственном институте имени Валерия Брюсова (1971-1989).
В 1980 он защитил диссертацию в Академии общественных наук при ЦК КПСС (тема: философско-методологические проблемы исследований повседневного практического сознания масс).
С 1989 по 1991 год - директор-основатель Института социально-политических исследований, а в 1998-2009 годах - ректор Ереванского института инновационных технологий.
С 1999 по 2002 год возглавлял Региональный центр Московского государственного университета экономики, статистики и информатики (МЭСИ), а с 2002 по 2009 год - директор филиала МЭСИ в Ереване.
В 1985 году Мигран Шахзадеян стал членом правления Философского общества Армении, в 1990 году был организатором Армянской ассоциации политических наук. В 1991 году Мигран Шахзадеян был избран членом правления Советской ассоциации политических наук и в том же году возглавил работу одной из секций Всемирного конгресса политических наук в Буэнос-Айресе. В 2002 году избран действительным членом Международной академии открытого образования.
На протяжении многих лет является членом Комиссии по дистанционному обучению Совета по сотрудничеству в области образования государств-участников СНГ.
Под его руководством и авторством в 2001 году был создан первый в Армении
виртуальный университет и первые армянские электронные учебники, была внедрена онлайн-ЛМС «Прометей», проведены международные научно-практические конференции, семинары и мастер-классы по внедрению информационных технологий в образование и были изданы первые сборники научно-методических работ по этой теме. Автор монографии «Философско-методологические проблемы исследований повседневного практического сознания масс» и более 40 научных статей.
Мигран Абрамович Шахзадеян является членом Европейского центра трансфера знаний и технологий (EuroTex, Бельгия), международной некоммерческой ассоциации, созданной в 1999 году и занимающейся передачей знаний, инноваций и технологий между государствами-членами ЕС и странами Европейской политики соседства (ЕПС).
В настоящее время М. А. Шахзадеян является председателем Армянской ассоциации политологов. Преподает политологию в Ереванском филиале Российского экономического университета им. Г.В. Плеханова.